Entre la fundación del Estudio y la construcción de un edificio propio para desarrollar las actividades docentes, pasarán casi 200 años.
La primera fase de edificación comienza en 1415 y se prolonga hasta 1435, bajo la maestría de Alfonso Rodríguez Carpintero. Antes de estas fechas, las clases fueron impartidas en diversos lugares, en casas de propiedad de la Catedral, o en su propio claustro.
Poco tiempo después de acabar con la primera fase constructiva se emprende la segunda, entre 1442 y 1452 que se ocupa de ampliar los espacios y delimitar con un muro almenado la jurisdicción propia de la institución.
El edificio construido en la primera mitad del XV se organizó en torno a un patio de tipo claustral y éste solo tenía una planta, con fachadas a la plaza de Anaya y a la calle Libreros, siendo esta última la más importante en la actualidad, ya que alberga la famosa fachada plateresca.